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新疆农业职业技术学院开设的专业有：农产品加工与质量检测、环境工程技术、药品生产技术、种子生产与经营、药品质量与安全、环境监测技术、动物防疫与检疫、宠物养护与驯导、动物医学、畜牧兽医、畜禽智能化养殖、工程造价、机电一体化技术、建筑工程技术、现代农业装备应用技术、电气自动化技术、水利工程、人工智能技术应用、软件技术、物联网应用技术、计算机网络技术、信息安全技术应用、大数据技术、数字媒体技术、大数据与会计、现代物流管理、电子商务、市场营销、酒店管理与数字化运营、智慧健康养老服务与管理、民政服务与管理、园林工程技术、食品智能加工技术、风景园林设计、园艺技术、植物保护与检疫技术、食品检验检测技术、商务英语、商务管理、关务与外贸服务、旅游英语
2024年省级(直辖市)级特色专业：3个：计算机网络技术、农产品加工与质量检测、化工生物技术
2024年省重点、培育专业级特色专业：1个：农业装备应用技术
新疆农业职业技术学院坐落于丝绸之路经济带核心区，素有“西域咽喉”美誉之称的昌吉市，是一所举办高等职业教育的公办全日制普通高等学校。学院前身是创建于1958年的昌吉农业学校，1988年隶属自治区农业厅改名为新疆农业学校，2000年升格为新疆农业职业技术学院，2008年与原自治区农业干部学校合并，整合为现今的新疆农业职业技术学院。2022年2月，自治区农业农村厅党组整合厅属科教资源，将厅属科研单位与学院一体化整合，实现产科教资源共享、优势互补，快速提升自治区“三农”人才培养质量和乡村振兴、农业农村现代化科技服务支撑能力，开创了全国职业院校与科研院所融合发展的先河。
在职业教育大发展的新起点上，学院将不忘初心、牢记使命，踔厉奋发，笃行不怠。以培养爱国爱疆、担当奉献的知农爱农兴农人才为根本任务，以服务国家“一带一路”核心区建设、推动乡村振兴和农业农村现代化发展为己任，创新产科教融合、校企合作体制机制，努力实现育人方式、办学模式、管理体制的重大突破，努力建成“国内一流、世界知名”的中国特色高水平高等职业学校，成为“三农”高层次技术技能人才的摇篮、现代农业技术示范区、欧亚现代农业交流中心、农耕文化传承基地。引领新疆职业教育发展，引领中国特色农业职业教育发展。
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