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上海交通大学医学院开设的专业有：医学试验班(卓越医学创新班)、临床医学(本博连读)、临床医学、医学技术类、口腔医学、临床医学(本博连读口腔医学方向)、预防医学（五年制）、护理学、生物医学科学、儿科学"5+3"、临床医学（英语班）、临床医学(本博连读法语班)、医学检验技术（法语班）、食品卫生与营养学
2024年国家级级特色专业：5个：临床医学、口腔医学、医学检验技术、护理学、儿科学
上海交通大学医学院位于创新求索、文化荟萃、包容并蓄的黄浦腹地，红墙映日、梧桐环绕。其前身是由圣约翰大学医学院(1896-1952)、震旦大学医学院(1911-1952)、同德医学院（1918-1952)于1952年全国高等学校院系调整时合并而成的上海第二医学院，1985年更名为上海第二医科大学。1997年，学校通过了“211工程”立项。2005年7月，上海交通大学与上海第二医科大学合并，成立了新的由教育部、上海市政府重点共建的上海交通大学医学院，进入“985”高校行列。2010年11月，学院成为卫生部与教育部合作共建的第一批十个重点高校中的一员。两校合并以来，上海交通大学医学院充分发挥“部市共建”、“部部共建”的体制机制优势，遵循综合大学的发展规律和医学学科的特殊规律，保持医、教、研、管的相对完整性，不断探索实践在综合性大学中发展医学院的模式。
医学院积极探索区域协同共建医疗卫生事业新战略，与长宁区政府合作共建上海市同仁医院，并于2014年成立虹桥国际医学研究院，努力实现多维推进区域医疗发展与学科内涵建设。2011年成立上海交通大学中国医院发展研究院，大力开展医院管理政策性研究，在国内医院管理领域产生了一定的影响力。2019年，上海交通大学医学院和上海理工大学共同发起建立“医工交叉创新研究院”和“医工交叉研究生院”。2020年与上海中医药大学携手成立“中医西医汇聚创新研究院”，着眼于中西医交叉优势学科发展方向，推进中西医交叉创新临床和基础研究。同年10月，成立上海交大医学院—中科院上海营养与健康研究所“慢病防控与健康促进协同创新中心”，将充分整合双方优势资源，聚焦“慢病防控”，开展深度合作。12月，与上海开放大学签约合作，未来将共同建设服务老年人群的健康管理体系，共同推进市民健康与医学素养提升以及共同提升医学教育信息化建设质量。
