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上海交通大学医学院开设的专业有：医学试验班(卓越医学创新班)、临床医学(本博连读)、临床医学、医学技术类、口腔医学、临床医学(本博连读口腔医学方向)、预防医学（五年制）、护理学、生物医学科学、儿科学"5+3"、临床医学（英语班）、临床医学(本博连读法语班)、医学检验技术（法语班）、食品卫生与营养学。
国家级级特色专业：5个：临床医学、口腔医学、医学检验技术、护理学、儿科学。
上海交通大学医学院位于创新求索、文化荟萃、包容并蓄的黄浦腹地，红墙映日、梧桐环绕。其前身是由圣约翰大学医学院(1896-1952)、震旦大学医学院(1911-1952)、同德医学院（1918-1952)于1952年全国高等学校院系调整时合并而成的上海第二医学院，1985年更名为上海第二医科大学。1997年，学校通过了“211工程”立项。2005年7月，上海交通大学与上海第二医科大学合并，成立了新的由教育部、上海市政府重点共建的上海交通大学医学院，进入“985”高校行列。2010年11月，学院成为卫生部与教育部合作共建的第一批十个重点高校中的一员。两校合并以来，上海交通大学医学院充分发挥“部市共建”、“部部共建”的体制机制优势，遵循综合大学的发展规律和医学学科的特殊规律，保持医、教、研、管的相对完整性，不断探索实践在综合性大学中发展医学院的模式。
医学院围绕立德树人的根本任务，深入推进医学教育改革。全面贯彻落实全国和上海高校思想政治工作会议、全国教育工作会议精神，首推“健康中国”思政课程，打造“中国系列”课程品牌，通过理论授课、CBL案例教学、实践教学等多种形式，组织全国劳模、新科院士、医学大家等与师生面对面，依托“宣誓、授袍、缅怀、授帽、感恩”五项仪式教育，深化育人内涵，进一步加强医学生社会主义核心价值观培育。围绕“卓越医学创新人才”培养目标，搭好课上与课下、线上与线下、本科生与研究生三大互动平台。深化“双师联动，协同育人”工作机制，整合班导师与新生导师工作制度，实施全程一贯制模式配备本科生班导师，构建全员育人、全过程育人、全方位育人的医学思政教育体系。依托新媒体优化工作模式，通过“易班”、“微信公众号”等平台积极联动，强化网络思政育人功能。深化大学生心理健康教育服务功能，搭建心理健康服务“医教结合”与“网格化”的关怀体系，建立心理疾患转介绿色通道。建立全程性且有序衔接的职业生涯教育和就业指导服务体系，全面建设在线就业信息服务平台。
